Publié le 17-04-2025
Descriptif du poste:
Mission principale:
La personne recrutée aura pour mission l'analyse et l'intégration bioinformatiques de données omiques (bulk RNAseq, single nuclei RNAseq, spatial transcriptomic, methylome) obtenus à partir d'échantillons tumoraux et de modèles tumoraux humains et murins.
Elle travaillera en interaction avec l'investigateur principal, les bioinformaticiens senior et junior, les postdoctorantes, les ingénieures en biologie et les étudiant(e)s pour contribuer par son expertise bioinformatique aux projets de recherche de l'équipe.
Activités principales:
· Contrôle qualité, quantification de l'expression en bulk, cellule unique et transcriptomique spatiale, analyse de la variance, regroupement hiérarchique, analyse différentielle, annotation fonctionnelle, analyse récepteur-ligand
· Conception de signatures d'expression à partir de données en cellules uniques et appariemment avec les données transcriptomiques spatiales sans ou avec déconvolution
· Contrôle qualité et quantification de la méthylation ; conception de signatures de régions différentiellement méthylées, corrélation avec l'expression et analyse de l'hétérogénéité intratumorale et intertumorale
Autres informations:
- Temps de travail:
· Temps plein
· Nombre d'heures hebdomadaires :
38h30
· Congés Annuels et RTT :
32 jours + 12 jours :
44 jours
- Télétravail partiel possible ouvert à discussion
- Bureau partagé
- Travail en majorité en présentiel
- Rémunération :
· A partir de 2 494,30 € € bruts mensuels, à réévaluer en fonction de l'expérience professionnelle sur des fonctions de niveau équivalent
Profil recherché:
- Connaissances:
· Bases de la biologie moléculaire, niveau premier cycle
· Formation de second cycle en bioinformatique
· Structures de données et Algorithmes en Transcriptomiqu
· Clustering et Réduction de dimension
· Machine learning
- Savoir-faire:
· Langage de programmation :
Python, R
· Réalisation d'un projet de programmation en interaction avec les utilisateurs et avec adaptation du projet aux besoins et retours des utilisateurs
· Présentation et communication de l'avancée d'un projet
- Aptitudes:
· Autonomie, organisation du temps de travail
· Travail en équipe avec les bioinformaticiens et non bioinformaticiens
· Curiosité avec recherche critique de ressources bibliograpiques et méthodologiques
Fiches métiers
